Der Kiemendarm ist ein Organ, das man bei Chordatieren aus den Unterstämmen der Manteltiere (Tunicaten) und Schädellosen findet. Es handelt sich dabei um einen Teil des Vorderdarms, bei dem es zu einem Durchbruch von Kiemenspalten kommt (bei Ascidien bis zu 1000 Durchbrüche).

Durch die Kiemenspalten ist es den „primitiven“ Chordaten möglich ihre Nahrung zu filtrieren, indem sie Wasser durch die Mundöffnung einsaugen/strudeln. Kleinste Nahrungspartikel bleiben an den oft mit Wimpern gesäumten Kiemenspalten hängen und werden dann dem daran anschließenden, verdauenden Teil des Darms zugeführt. Dies geschieht über einen Schleim, der von der am Grund des Kiemendarms liegenden Hypobranchialrinne (auch Endostyl) sezerniert wird. Die Hypobranchialrinne ist der Schilddrüse der Wirbeltieren homolog und ihre Zellen können bereits das Iod des Meerwassers anreichern und in Thyroxinmoleküle einbauen.

Bei der Embryonalentwicklung aller Wirbeltiere, auch des Menschen, tritt der Kiemendarm auf, bildet sich später jedoch zurück.